Enzymy restrykcyjne

[maciosz]

Enzymy restrykcyjne

Enzymy restrykcyjne rozpoznają pewną specyficzną sekwencję w długim łańcuchu DNA i w tym miejscu tną łańcuch. Użytkownik dostaje na wejściu długą sekwencję oraz motyw rozpoznawany przez enzym - jego zadaniem jest obliczenie, na ile części zostanie podzielony długi łańcuch.

To zadanie również może być kilkuetapowe - np. w wersji prostej podajemy rozpoznawany motyw jednoznacznie jako sekwencję, w wersji bardziej rozbudowanej - jako motyw, np. "A[TC]GG[ATC]C". Może się też zmieniać wynik - np. nie liczba wynikowych sekwencji, ale ich średnia długość.

[Kasiek]

to brzmi jak materiał na kilka nie-bardzo-trudnych zadań (lub wieloetapowe zadanie), wezmę.

[maciosz]

Super!

[Kasiek]

Enzymy restrykcyjne (restryktazy) to enzymy przecinające nić #DNA (lub RNA) w obszarach, w których występują specyficzne, krótkie sekwencje #nukleotydowe.Organizmy #prokariotyczne używają ich do obrony przed infekcją przez bakteriofagi. Dzięki enzymom restrykcyjnym bakterie mogą rozcinać i unieszkodliwiać wnikający do komórki DNA bakteriofaga.
Restryktazy zwykle tną DNA wewnątrz rozpoznawanej przez nie sekwencji, zostawiając tzw "#lepkie końce", jednak dla uproszczenia zadania przyjmijmy, że enzym restrykcyjny rozpoznaje specyficzny fragment sekwencji DNA i tnie nić tuż za nim.

 sekwencja: <plik z długą sekwencją>
   specyficzna sekwencja rozpoznawalna przez enzym restrykcyjny: GAATTC

1) Napisz program, który policzy na ile części zostanie podzielona sekwencja po działaniu na nią enzymami restrykcyjnymi.


2) Napisz program, który policzy średnią długość (średnią ilość par zasad) fragmentów sekwencji po poprzecinaniu enzymami restrykcyjnymi.

3) Napisz program, który policzy na ile fragmentów zostanie podzielona sekwencja, jeśli specyficzna sekwencja rozpoznawalna przez enzym restrykcyjny to : G[AG][TC]C
  ( gdzie '[AG]' oznacza, że w tym miejscu może stać A lub G)



<<ciekawostka>>
Zastosowanie enzymów restrykcyjnych:

    ·sporządzanie map genów
    ·izolacja oraz identyfikacja genów
    ·sekwencjonowanie DNA
    ·porównywanie DNA (pochodzących z różnych organizmów)
    ·rekombinowanie i klonowanie genów (lub fragmentów genów)
    ·diagnostyka (chorób genetycznych, niektórych chorób nowotworowych, chorób infekcyjnych)
    ·zastosowanie w medycynie : ustalanie zgodności tkankowej – niezbędnej w transplantologii, do ustalania pokrewieństwa



Ta ciekawostka może nie jest szczególnie ciekawostkowa, ale ktoś może chceć wiedzieć "do czego to potrzebne", więc możemy dać jakąś taką informację.
Zadanie można podzielić na kilka zadań lub zostawić je jako zadanie z kilkoma podpunktami.
Można sekwencję podać w pliku do pobrania i dodać do zadania element "napisz program, który pobiera dane z pliku..."
plik mam, mogę udostępnić jeśli jest potrzeba, lub wrzucić odrazu na strone przy wrzucaniu na stronę.

[Behoston]

RNA chyba też tną

[Kasiek]

posiłkowałam się prawdę mówiąc wikipedią i kilkoma innymi stronami, żeby to brzmiało rozsądnie i nic nie było o RNA napisane. Ale chyba masz rację, poprawię.

[Kasiek]

Pytanie: czy ja mam dzielić to zadanie na trzy, żeby nie było problemów z miejscem na odpowiedzi? czy rozwiązać to jakoś inaczej?

[pjankowski]

Póki co się tym nie przejmuj... Jutro dowiemy się czy nasza strona będzie zaopatrzona w różne możliwości odnośnie wpisywania odpowiedzi.

[maciosz]

Funkcjonalnie będzie się to dało rozwiązać, żeby to było jedno zadanie, pole wprawdzie na odpowiedź wciąż jest jedno, ale można do niego wpisać odpowiedzi przedzielone np. średnikiem.  Więc teraz to tylko kwestia czy rzeczywiście chcemy zostawić tak czy rozbijać.
Sama pewnie bym rozbiła na co najmniej dwa, żeby chociaż osobno znalazło szukanie po dosłownym stringu a osobno wyrażeniem regularnym, bo jest to chyba ideowo nieznacznie trudniejsze. Więc żeby nie było, że ktoś potrafi rozwiązać 1. część i nawet 2., ale nie ma z tego jeszcze żadnej satysfakcji ani punktów, bo utknął na 3. Ale jak zostaną w jednym to też nie jest źle, to tylko taka moja prywatna opinia.