Pokaż wiadomości
Strony: [1]
1  Wszyscy / Support / Odp: [2013] Porządki : Listopada 27, 2013, 03:14:10
Kolejny spamer:

http://bioinformatyka.mimuw.edu.pl/forum/index.php?action=profile;u=545
2  FAQ / Dla kandydatów: pytania i odpowiedzi / Odp: Pomoc z Literaturą : Sierpnia 11, 2013, 10:16:15
Jeżeli chodzi o IDE to w przeciwieństwie do języków statycznie typowanych dużo ono nie pomaga. Ja osobiście korzystam na z Pycharm (https://www.jetbrains.com/pycharm/), na który MIM ma licencję akademicką jeżeli się nic nie zmieniło. Ale służy mi on na dobrą sprawę do wszystkiego (zarządzania środowiskami, maszynami wirtualnymi, ogarniania repozytoriów, produkowania dokumentacji, diagramów) poza programowaniem Uśmiech 

Na dobrą sprawę tak długo jak nie budujesz dużych projektów to dowolny edytor, który koloruje składnię i jest w stanie ogarnąć bałagan spacje/tabulacje jest ok. W ramach zajęć nikt niczego nie narzuca, zresztą programowania jest tyle co kot napłakał.

Z rzeczy, o których nikt nie napisał to kluczowy jest tak naprawdę porządny repl. Znaczy się bez http://ipython.org/ daleko nie zajdziesz. A w każdym razie nie bez bólu.
3  FAQ / Dla kandydatów: pytania i odpowiedzi / Odp: Pomoc z Literaturą : Lipca 27, 2013, 07:22:29
To ja ze swojej strony zasugeruję http://rosalind.info/
4  Wszyscy / Support / [2014] Porządki : Czerwca 17, 2013, 06:38:08
Może by tak zrobić porządki z widmowymi kontami?

http://bioinformatyka.mimuw.edu.pl/forum/index.php?action=profile;u=516
http://bioinformatyka.mimuw.edu.pl/forum/index.php?action=profile;u=443
http://bioinformatyka.mimuw.edu.pl/forum/index.php?action=profile;u=493
http://bioinformatyka.mimuw.edu.pl/forum/index.php?action=profile;u=480
http://bioinformatyka.mimuw.edu.pl/forum/index.php?action=profile;u=502
http://bioinformatyka.mimuw.edu.pl/forum/index.php?action=profile;u=514
http://bioinformatyka.mimuw.edu.pl/forum/index.php?action=profile;u=451
http://bioinformatyka.mimuw.edu.pl/forum/index.php?action=profile;u=487
http://bioinformatyka.mimuw.edu.pl/forum/index.php?action=profile;u=512
http://bioinformatyka.mimuw.edu.pl/forum/index.php?action=profile;u=479
http://bioinformatyka.mimuw.edu.pl/forum/index.php?action=profile;u=460
http://bioinformatyka.mimuw.edu.pl/forum/index.php?action=profile;u=490
http://bioinformatyka.mimuw.edu.pl/forum/index.php?action=profile;u=509
http://bioinformatyka.mimuw.edu.pl/forum/index.php?action=profile;u=485
http://bioinformatyka.mimuw.edu.pl/forum/index.php?action=profile;u=501
http://bioinformatyka.mimuw.edu.pl/forum/index.php?action=profile;u=504
http://bioinformatyka.mimuw.edu.pl/forum/index.php?action=profile;u=465
http://bioinformatyka.mimuw.edu.pl/forum/index.php?action=profile;u=492
http://bioinformatyka.mimuw.edu.pl/forum/index.php?action=profile;u=500
http://bioinformatyka.mimuw.edu.pl/forum/index.php?action=profile;u=506
http://bioinformatyka.mimuw.edu.pl/forum/index.php?action=profile;u=439
http://bioinformatyka.mimuw.edu.pl/forum/index.php?action=profile;u=455
http://bioinformatyka.mimuw.edu.pl/forum/index.php?action=profile;u=516
5  Wszyscy / Support / Odp: Treść postów w powiadomieniach : Listopada 06, 2012, 10:44:29
To jednak nie korzystasz z RSSów? Ja zaczęłam. W nich jest treść, za to nie ma autora. Duży uśmiech

Wiesz, większość moich kanałów jest czyszczona zanim do nich zajrzę Mrugnięcie Ale widać nie ma wyboru.
6  Wszyscy / Support / Treść postów w powiadomieniach : Listopada 05, 2012, 05:59:26
Hej,

Czy istnieje możliwość ustawienia forum tak, żeby w powiadomieniach o nowych wątkach / odpowiedziach przychodziła ich treść? Konieczność wchodzenia na forum, żeby sprawdzić o co właściwie chodzi jest z lekka irytująca Uśmiech

M.
7  Wszyscy / Ogłoszenia / Odp: Biecek, Przewodnik po pakiecie R, do oddania : Lipca 06, 2012, 02:17:46
Chętny się znalazł, więc zamykam wątek Uśmiech
8  Wszyscy / Ogłoszenia / Biecek, Przewodnik po pakiecie R, do oddania : Lipca 05, 2012, 02:33:56
Jakby ktoś był zainteresowany to mam do oddania Przewodnik po pakiecie R (1. wyd) Biecka. U mnie leży na półce i się kurzy, a może ktoś skorzysta.
9  Wszyscy / Pomoc / Odp: Stawianie bazy danych : Lipca 05, 2012, 02:30:31
Ja bym tam z kosztami na AWS nie histeryzował. Jak się ogarnia co i jak to można sobie odpalić na parę godzin mały klaster obliczeniowy i też się nie wykosztować. A darmowe quoty są całkiem hojne. Trzeba się nieco nauczyć, mniej więcej świadomie działać, ale za to możliwości są spore. Niemniej to pewnie trochę za dużo zabawy jeśli chcecie po prostu worka na dane. No i raczej lepiej sprawdzają się rozwiązania nierelacyjne.
Co do uczelnianego Oracle to niestety nie z UW. A u mnie wystarczy odwiedzić admina, najlepiej z odpowiednim druczkiem Uśmiech
Jezeli chodzi o przetwarzanie tekstów to z Twojego pytania wnosze, że jednak to nie będzie wam potrzebne Chichot Chodziło generalnie o kwestie związane analizą tekstów, wsparciem dla semingu, lematyzacji, jakieś hierarchii semantycznej itd. Na wypadek gdybyście ściągali abstrakty z pubmeda i robili jakiś text mining, czy co. Przecież wiesz, że ja nie mam pojęcia o tym co robi bioinformatyk.
Nie będę się wypowiadał w kwestii sqlite, bo jak już pisałem nie mam szczególnych doświadczeń. Wiem, że śmiga w pewnych przypadkach, działa jak trzeba, jak już wspomniano powyżej jest łatwa w obsłudze. Na pewno brakuje dobrych narzędzi, zarządzania uprawnieniami, a i sporej liczby funkcjonalności, które pewnie nie będą wam potrzebne.
Generalnie najwygodniejszą, z mojego punktu widzenia, opcją do deweloperki jest zazwyczaj własna maszyna wirtualna na publicznym ip. Stawiasz minimalną instalację debiana albo centosa, na tym bazę, dokładasz port forwarding, bridge do wirtualki, ew. jakiś dynamiczny dns jeśli nie masz stałego ip.
Na tym co tylko sobie wymyślisz. Od banalnych rzeczy jak XAMPP, przez idiotoodporne instalatory postgresa z enterprisedb czy oracle express, po zabawę z konfiguracją od podstaw. Zaletą jest to, że masz wszystko pod kontrolą, nikt Ci nakłada ograniczeń i sporo się można nauczyć w trakcie. A tak naprawdę w wielu wypadkach to może godzina pracy. Wadą, że jeśli chcesz mieć stały dostęp to coś Ci żre prąd 24/7 co może wyjść zdecydowanie drożej niż AWS.
Co do backupów to bez przesady, póki nie potrzebujesz pracować online pod dużym obciążeniem, bawić się dziennikami powtórzeń to cron, mysqldupm/pg_dump/..., rsync wystarczają z naddatkiem.
Pytanie czy rzeczywiście potrzebujecie bazy. Generalnie efektywne zapytania analityczne do baz relacyjnych wymagają zazwyczaj przemyślanej struktury, sporo rzeźbienia i wcale nie są szczególnie efektywne, ale i nie taka idea, jak mniemam, przyświecała ojcom założycielom (sorry zostało mi po jednym z wykładowców). No i te kilkaset rekordów (czyli rozumiem, przeniesienie danych z arkusza do tablicy w bazie) to sztuka dla sztuki. Moja luźna myśl jest taka, że może lepiej zacząć od serializacji (czy to do xml, json, jakiejś binarnej metody jak pythonowe pickle). Dla kilkuset rekordów na luzie jesteś w stanie przetwarzać to w pamięci, daje się ładnie kontrolować wersje i nie wymaga większego narzutu. A jak okaże się, że rzeczywiście potrzebujecie bazy to przejście od obiektów i serializacji do bazy, np. z użyciem jakiegoś orm’a to już pestka.

[Zrobić nic mi nie zrobiliście, za kogo Ty mnie masz? Ja jestem okropny bezinteresownie, altruistycznie wręcz. To wszystko w imię wyższych idei Chichot]
10  Wszyscy / Pomoc / Odp: Stawianie bazy danych : Lipca 04, 2012, 10:40:14
Nie mogę powiedzieć, żebym oczekiwał jakiś szczególnych zwierzeń, ale jeśli coś wam leży na sercu...  Mrugnięcie
A poważnie to chociażby o jaki system bazodanowy Marcinowi chodziło, z czego chciałby się do tego łączyć, ile danych przerzucać.
Jeżeli chodzi o uprawnienia to pytanie czy potrzebujecie chociażby dostępu do grupy systemowej, jakiś specyficznych rozszerzeń, itd. Czy chcecie męczyć dane tekstowe. Na ile poufna będzie treść. Czy to musi działać zdalnie, 24h/dobę, do kiedy ma być dostępne i takie tam.

Generalnie dostęp do jakiś baz mogę dać (z kont shellowych na pewno mysqla, może jakiś postgres, jeśli nie na długo czyli powiedzmy do września, to do uczelnianego oracle 11g). Niemniej nic z tego nie będzie szczególnie wydajne ani stabilne i może wymagać sporo zabaw z konfiguracją. No i nie ma co liczyć na coś więcej poza podstawowymi uprawnieniami.
Sporo można zrobić lokalnie na maszynie wirtualnej lub nawet na fizycznej stacji roboczej. Zawsze można też użyć jakiejś małej zabawki na aws. Co do sqlite to mam wrażenie, że większą barierą niż rozmiar bazy jest liczba równoczesnych transakcji. Ale nigdy się jakoś szczególnie intensywnie nie bawiłem. W każdym razie kilkaset mega danych łykała lokalnie szybciej niż oracle na solidnym serwerze.

Podsumowując - chciałem być miły i pomocny, a nie wyciągnąć jakieś sekrety, ale to pewnie kwestia tego, że mój mózg niedomaga przy takiej pogodzie Chichot Postaram się poprawić i następnym razem mieć jakiś nikczemny cel Mrugnięcie
11  Wszyscy / Pomoc / Odp: Stawianie bazy danych : Lipca 02, 2012, 08:40:20
A jakiej bazy. z jakimi uprawnieniami i do czego potrzebujesz?
12  Wszyscy / Tematy ogólne / Ktoś się wybiera na PyCon 2012? : Czerwca 26, 2012, 08:28:08
http://pl.pycon.org/2012/
13  Wszyscy / Tematy ogólne / Odp: Zarządzanie projektami (bio)informatycznymi : Czerwca 26, 2012, 08:25:45
Generalnie mam dość zróżnicowane doświadczenia obejmujące zarówno jakieś projekty badawcze (chociaż w zupełnie innej i wysoce specyficznej dziedzinie), współpracę z administracją publiczną, freelancing, pracę w małej firmie. I generalnie gdzie się nie trafi to nigdzie nie idzie łatwo i mam wrażenie, że praca badawcza nie jest tu jakimś szczególnym wyjątkiem.
Zazwyczaj jest tak, że robi się rzeczy, z którymi wcześniej miało się ograniczony kontakt, niemal zawsze okazuje się, że czegoś brakuje, coś nie działa jak się tego spodziewaliśmy i takie tam drobne przyjemności.
W zasadzie jedyną pewną rzeczą jest to, że urzędnicy będą niekompetentni, specyfikacja będzie niekompletna, klient niezdecydowany, a na serwerze będzie się pojawiał load widmo Uśmiech O rozrywkach związanych z prowadzeniem badań w terenie już nie będę wspominał.
Natomiast nie wydaje mi się żeby to sprawiało, że można sobie odpuścić kwestie organizacyjne bo “i tak nic nie wiadomo”.
Jeżeli chodzi o szacowanie to w sumie w różnych sytuacjach może służyć różnym celom. Spotkałem się już z opiniami, że przynosi więcej szkody niż pożytku, ale w sytuacji takiej, od której wyszliśmy, jest moim zdaniem nie do uniknięcia. W sytuacji kiedy masz z góry narzuconą funkcjonalność (tak w każdym razie się domyślam) i deadline to kluczowym zagadnieniem staje się czy projekt jest w ogóle do zrealizowania. I myślę, że to jest właśnie miejsce dla opiekuna projektu, który jak rozumiem, ma mieć przynajmniej minimalne doświadczenie w temacie Uśmiech Tak, takie szacunki będą błędne, zwłaszcza w sytuacji kiedy nie wiesz nic o zespole, ale to jest jakby wpisane w definicję szacowania. Natomiast możemy założyć, że będą one błędne w jakimś sensownym zakresie.
Przy projektach informatycznych mówi się, że rzeczywisty nakład pracy mieści się gdzieś w przedziale x0.25 do x4 w stosunku do pierwotnej oceny. Znając życie to w przypadku projektów studenckich to zdecydowanie rozkład prawostronnie skośny Mrugnięcie Natomiast jest już jakaś informacja, czy coś jest wykonalne czy nie. Swoją drogą to w kontekście projektów wakacyjnych to szacunkowe wartości były podane przed jakąkolwiek informacją o projektach. Więc pytanie było o to co w zasadzie oznacza określenie wakacyjny, a nie czy można oszacować ich rozmiar.
W projektach, w których płynny jest czas oddania lub funkcjonalności szacunki pozwalają z jednej strony na sensowne kolejkowanie zadań, z drugiej na ocenę pracy zespołu. Oba zagadnienia są jak sądzę nie do przecenienia także w zespołach badawczych. Jak to robić to już osobna sprawa. W każdym razie tak czy inaczej zawsze startujemy z jakimś backlogiem, który można przełożyć na konkretne (albo i nie) szacunki.
Na pewno wyidealizowane godziny nie są najlepsze, ale na starcie (czyli z nieznanymi osobami, tematem) ciężko jest uzyskać coś wiele mądrzejszego. Przejście do takich metryk jak choćby story points to już zdecydowanie więcej zabawy.
W każdym razie będę się trzymał mojej pierwotnej intuicji, że można i że problemem jest nie tyle wyjątkowość zagadnienia, co raczej niechęć naukowców do zajmowania się bardziej przyziemnymi sprawami. Ale to ostatnie to może być kwestia moich złych doświadczeń Mrugnięcie
14  Wszyscy / Tematy ogólne / Zarządzanie projektami (bio)informatycznymi : Czerwca 13, 2012, 01:33:31
Kontynuując temat, który wykluł się przy okazji projektów wakacyjnych http://bioinformatyka.mimuw.edu.pl/forum/index.php?topic=437.0. Przynajmniej w dwóch postach (jeżeli dobrze zrozumiałem sens wypowiedzi) pojawiła się, dość zaskakująca dla mnie teza, że niemożliwe jest szacowanie nakładu pracy potrzebnego do realizacji projektów bioinformatycznych (czy też ogólnie naukowych).
O ile jestem w stanie zrozumieć, że zwłaszcza w wypadku badań aplikacyjnych projekty naukowe są przedsięwzięciami wysokiego ryzyka i konieczne może być radzenie sobie z dynamicznie zmieniającymi się wymaganiami (co w sumie nie jest czymś wyjątkowym na rynku it), o tyle nie do końca jestem w stanie sobie wyobrazić jak daje się skutecznie prowadzić projekt kiedy zakładamy, że nie można dokonać realnej oceny bieżącej sytuacji.
Tu pytanie (przede wszystkim do osób, które pracowały w większych zespołach) - czy jesteście w stanie powiedzieć coś o wykorzystywanych metodykach, jak wygląda faza projektowa, etc.
15  Wszyscy / Tematy ogólne / BOINC : Lutego 26, 2012, 09:01:33
Gdyby ktoś był zainteresowany zużyciem nadmiaru mocy obliczeniowej to zapraszam:

http://www.worldcommunitygrid.org/team/viewTeamInfo.do?teamId=ST99RK9S02
http://docking.cis.udel.edu/community/team/display.php?teamid=2361
http://boincsimap.org/boincsimap/team_display.php?teamid=3805
http://www.gpugrid.net/team_display.php?teamid=2957
http://boinc.bakerlab.org/rosetta/team_display.php?teamid=11727

Pozdrawiam,
Maciek
Strony: [1]

SimplePortal 2.3.1 © 2008-2009, SimplePortal